「タイムトリモチ」で、500年前に絶滅（ぜつめつ）した巨大（きょだい）な鳥モアを捕（つか）まえてしまったのび太とドラえもん。絶滅（ぜつめつ）動物を保護（ほご）しているベレーガモンド島へ、モアを連（つ）れていくことに。

そこは「ゴールデンヘラクレス」と呼（よ）ばれる黄金のカブトムシの力に守られた不思議（ふしぎ）な島だった。ドラえもんたちはロッコロ族の少女"コロン"やドードー鳥の"クラージョ"、のび太にそっくりな少年"ダッケ"と出会い、見たこともない動物たちと楽しく過（す）ごしていた…。

ところが「ゴールデンヘラクレス」の力を狙（ねら）う悪の商人シャーマンが島を襲（おそ）ってくる！ 島を守るために、ついにドラえもんたちが立ち上がる！