「タイムトリモチ」で、500年前に絶滅(ぜつめつ)した巨大(きょだい)な鳥モアを捕(つか)まえてしまったのび太とドラえもん。絶滅(ぜつめつ)動物を保護(ほご)しているベレーガモンド島へ、モアを連(つ)れていくことに。
そこは「ゴールデンヘラクレス」と呼(よ)ばれる黄金のカブトムシの力に守られた不思議(ふしぎ)な島だった。ドラえもんたちはロッコロ族の少女"コロン"やドードー鳥の"クラージョ"、のび太にそっくりな少年"ダッケ"と出会い、見たこともない動物たちと楽しく過(す)ごしていた…。
ところが「ゴールデンヘラクレス」の力を狙(ねら)う悪の商人シャーマンが島を襲(おそ)ってくる! 島を守るために、ついにドラえもんたちが立ち上がる!